Eucheuma cottonii adalah rumput laut merah, penghasil kappacaragenan, yang terdiri dari β-D-galactopyranosyl-4-sulphate dan α-D3,6 anhydrogalactopyranosyl residu (Stanley, 1990). Eucheuma cottonii dalam bentuk SRC (semi Refine Caragenan) atau karaginan semi murni dapat dimanfaatkan sebagai bahan penyalut pada proses mikroenkapsulasi.Pemanfaatan ini ditinjau dari sifatnya sebagai penggel, dengan karakteristik gel yang keras dan kokoh tetapi gampang pecah. Tujuan penelitian adalah mempelajari Eucheuma cottonii dalam bentuk karaginan semi murni sebagai bahan penyalut Lactobacillus acidophilus berdasarkan viabilitasnya dan struktur mikrokapsul setelah melewati pH 2 dan pH 7 secara in vitro. Materi penelitian menggunakan :1) karaginan semi murni atau SRC dari jenis Eucheuma cottonii,2) mikrokapsul Lactobacillus acidophilus dengan metoda Adhikari (2003), Metoda penelitian menggunakan laboratorium experimental dan desain uji ANOVA untuk mencari pengaruh, dilanjutkan dengan uji BNT ,viabilitas Lactobacillus acidophilus menggunakan MRS Agar dengan metoda tuang, struktur mikrokapsul secara deskriptif diamati dengan alat Confocal Laser Scanning Microscope. Hasil penelitian menunjukkan viabilitas Lactobacillus acidophilus dipengaruhi oleh kondisi pH dan menurun viabilitasnya setelah perlakuan pH 2 dengan rata-rata viabilitas sebesar 102 cfu/ml dan rata-rata viabilitas sebesar 103 cfu/ml pada pH 7. Mikrokapsul mempunyai ukuran 60 um setelah diperlakukan pada pH2 dan 50 um setelah diperlakukan pada pH 7.