Caragenan jenis Eucheuma cottonii dapat digunakan sebagai bahan pengenkapsulat berdasarkan kekuatan gel. Metode proses pembuatan caragenan antara Semi Refine Caragenan (PNG) dan Refine Caragenan (Gel Press) akan mempengaruhi kekuatan gel. Kekuatan gel berbeda akan mempengaruhi kemampuan sebagai bahan pengenkapsulat terhadap viabilitas Lactobacillus acidophilus pada kondisi pH 2 dan pH 7 secara in vitro. Tujuan penelitian adalah mempelajari pengaruh penggunaan metode proses antara SRC dan RC pada kondisi pH berbeda terhadap viabilitas Lactobacillus acidophilus. Metode penelitian adalah laboratorium eksperimental desain, dengan perlakuan A1=SRC;A2=RC; B1=pH 2;B2= pH 7, bahan penelitian: Eucheuma cottonii (dari Lombok Kep), Lactobacillus acidophilus ATCC 4356;Pembuatan caragenan SRC (FMC, 1977); RC (modifikasi FMC, 1977);Pembuatan mikrokapsul dengan metode emulsi (Adhikari, 2003), Analisa data menggunakan software SPSS, viabilitas menggunakan MRS Agar metode tuang, , struktur mikrokapsul diamati menggunakan CLSM (Confocal laser Scanning Mycroscope). Hasil penelitian adalah metode proses SRC dan RC memberikan pengaruh berbeda nyata terhadap viabilitas Lactobacillus acidophilus, tertinggi pada perlakuan RC sebesar 3,348 cfu/ml (log). Interaksi perlakuan memberikan pengaruh berbeda nyata terhadap viabilitas Lactobacillus acidophilus, tertinggi didapatkan pada perlakuan RC pada kondisi pH 7 sebesar 3,476 cfu/ml (log). Disarankan menggunakan caragenan jenis Eucheuma cottonii dengan metode proses RC, tetapi konsentrasi perlu ditingkatkan untuk mencapai standar viabilitas 107 cfu/ml atau 7 cfu/ml (log).