Penanda molekuler didefinisikan sebagai  segmen DNA tertentu yang mewakili  perbedaan pada tingkat genom. Mikrosatelit adalah salah satu penanda genetik.  Mikrosatelit adalah sekuen DNA yang berulang, dimana satu motif mengandung satu  sampai enam pasang basa yang diulang secara tandem dalam sejuml ah waktu. Saat ini  banyak sekali penelitian yang dalam prosesnya melibatkan Penanda mikrosatelit.  Informasi tentang keefektifan dan keinformatifan suatu mikrosatelit sangat dibutuhkan  untuk membantu para peneliti dalam menentukan Penanda yang sesuai dengan kebutuhan  penelitian mereka. Oleh karena itu penelitian bertujuan untuk mengetahui tingkat  efektifitas antara mikrosatelit INRA  - 23 dengan INRA - 32.  Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah darah kerbau, terdiri dari 16  sampel dari dua populasi kerbau yang berbeda. Penelitian laboratorium  dilakukan dengan  pendekatan molekuler analisis DNA, meliputi kegiatan isolasi DNA, elektroforesis  agarosa, PCR, dan elektroforesis poliakrilamid menggunakan dua macam primer, yaitu  INRA - 23, dan INRA - 32. Data  hasil pengamatan berupa pita ( band)  DNA dianalisis  menggunakan  GENEPOP ver3.1d option 3 - 1 dan 3 - 3. Hasil penelitian menunjukkan  frekuensi alel pada lokus  INRA - 23 populasi 2  lebih tinggi dibanding populasi 1 , s edangkan  frekuensi alel  pada lokus INRA - 32 populasi  1 lebih tinggi daripada populasi 2. Rerata nilai heterozigositas populasi 1 yang diharapkan  lebih tinggi  (60%)  dibandingkan dengan nilai heterozigosi tas yang teramati  (50%)  (tingkat heterozigositas rendah).  Sedangkan,  rerata nilai heterozigositas populasi 2 yang  teramati lebih tinggi  (62,5)  dari pada nilai heterozigositas yang  diharapkan (56%)  (tingkat  heterozigositas tinggi ). nilai polimorfisme (PIC)  pada populasi 1 (0,49%) lebih rendah  dari pada populasi 2 (0,51%) .  Dari sini dapat dikatakan bahwa lokus INRA - 23 lebih  informatif dibanding lokus INRA - 32. Tetapi selisih nilai polimorfisme kedua lokus  tersebut tidak terlalu tinggi, sehingga keduanya merup akan lokus yang cukup informatif  untuk digunakan.