Pendidikan Islam sering terlambat merumuskan diri untuk merespon perubahan. Usaha pembaruan pendidikan Islam sering bersifat sepotong-potong dan tidak komprehensif, sehingga tidak terjadi perubahan yang esensial. Pendidikan Islam tetap berorientasi pada masa silam ketimbang berorientasi kepada masa depan. Pembelajaran harus lebih berbasis pada penguatan penalaran, bukan lagi hafalan semata sehingga dapat memunculkan ide-ide baru. Penelitian ini bertujuan untuk mengungkap cara membangun sikap kritis siswa melalui pendekatan saintifik. Data penelitian dikumpulkan melalui observasi, wawancara, dan dokumentasi. Dengan menggunakan pendekatan fenomenologi, peneliti mengamati secara langsung fenomena yang terjadi dalam implementasi pendekatan saintifik pada pembelajaran Akidah Akhlak di MIN Yogyakarta II, kemudian melakukan analisa untuk menemukan fakta maupun penyebab. Implementasi pendekatan saintifik pada pembelajaran Akidah Akhlak di MIN Yogyakarta II sudah cukup baik karena siswa turut terlibat aktif dalam setiap kegiatan, antara lain: (1) Mengamati dan menanya melatih siswa untuk sensitif dalam melihat informasi dan menghasilkan ide orisinil; (2) Mengumpulkan dan mengolah informasi melatih siswa berpikir fleksibel; (3) Menyampaikan hasil melatih siswa untuk mengemukakan ide dan mampu mengutarakan kembali pengetahuan yang telah dimiliki. Hampir secara keseluruhan rangkaian kegiatan pembelajaran mendukung pengembangan sikap kritis siswa. Adapun faktor yang dapat menghambat adalah: (1) Kurangnya sumber bacaan yang dipersiapkan guru; dan (2) Kurangnya perhatian guru kepada siswa saat berdiskusi. Keywords: Berpikir kritis, pendekatan pembelajaran, saintifik.