Masa modern ditandai oleh kemajuan befikir manusia sebagai mahluk yang rasional. Ilmu pengetahuan berkembang pesat dengan berbagai metodologi ilmiah yang menjamin kebenaran temuannya. Keyakinan dan kebenaran agama dinilai naïf dan subyektif, dan masyarakat yang berpola pikir non-rasional dianggap sebagai masyarakat berbudaya primitive. Fenomena tersebut membawa ketegangan dalam hubungan agama dan ilmu pengetahuan dan mengakibatkan keduanya saling menegasikan dan merendahkan eksistensi satu sama lain. Artikel ini berusaha mendeskripsiskan dialektika antara agama dan ilmu pengetahuan dalam ranah ontologi dan epistemologi yang telah berlangsung lama. Tujuannya adalah untuk memperolah horizon baru bagi masa depan sains dan agama. Dari kacamata ontologis dan epistemologis, konflik tersebut sebenarnya tidak memiliki landasan yang kokoh. Agama sesungguhnya tidak hanya berurusan dengan masalah spiritual, mistis, atau non rasional. Agama dapat dikaji secara ilmiah dengan landasan metodologis yang sesuai dan obyektif. Hasil kajian agamapun dapat dibangun dengan sistematika ilmiah. Melalui perspektif ini, hubungan agama dan ilmu pengetahuan tidak lagi diposisiskan dalam hubungan konflik, melainkan dialektika interdisipliner yang saling memperkaya dan memperkuat argumentasi masih-masing.