Terdapat dua peran penting agama di lingkungan pesantren yang sangat signifikan untuk dikembangkan, yakni: Peran directive system dan divensive system. Yang pertama, agama ditempatkan sebagai referensi utama proses perubahan, yang kedua agama ditempatkan sebagai supreme morality yang memberikan landasan dan kekuatan etik-spiritual bagi masyarakat pesantren ketika mereka berdialektika menuju proses perubahan. Dengan dua peran diatas, agama tidak bisa lagi dipandang sebagai penghambat perubahan seperti dalam filsafat materialisme, bahwa agama adalah candu masyarakat (religion is opium), tetapi sebaliknya agama justru menjadi daya dorong yang luar biasa bagi terciptanya  perubahan masa depan pesanten beserta umatnya menuju masyarakat yang konstruktif dan humanistik. Kemampuan merespon problem kehidupan sehari hari. Karenanya aktualisasi nilai-nilai agama diharapkan mampu menembus tradisi perilaku keseharian (amaliyah diniyah, afectif religousness), tidak sekedar terpaku pada memahami serta mengerti pelajaran agama semata (tafhim al-aqliyah al-ilmiyah kognitif akademik).