Pendidikan tinggi Islam di Indonesia telah berlangsung sejak dibukanya Sekolah Tinggi Islam (STI) di Jakarta pads bulan Juli 1945 menjelang Indonesia merdeka. Sejak saat itu dinamika dan perkembangan Pendidikan Tinggi Islam dimulai. Setelah terbentuknya STI berubah menjadi UII (Universitas Islam Indonesia). Perkembangan berikutnya fakultas agama UII dinegerikan menjadi PTAIN (Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri), kemudian fase berikutnya muncullah IAIN dan STAIN, selain itu muncul pula pendidikan tinggi Islam swasta, baik berbentuk universitas, institut, maupun sekolah tinggi. Paradigma bare perguruan tinggi itu pada dasarnya bertumpu kepada tiga tungku utama, yakni Pertama, kemandirian lebih besar (greater autonomy) dalam pengelolaan atau otonomi. Kedua, akuntabilitas atau tanggung urai (greater accountability), bukan hanya dalam hal pemanfaatan sumber-sumber keuangan secara lebih bertanggungjawab, tetapi juga dalam pengembangan keilmuan, kandungan pendidikan dan program-program yang diselenggarakan. Ketiga, jaminan lebih besar terhadap kualitas (greater quality assurance) melalui evaluasi internal (internal evaluation) yang dilakukan secara kontinu dan berkesinambungan; dan evaluasi eksternal (external evaluation) oleh Badan Akreditasi Nasional (BAN).Kata Kunci : Sejarah pendidikan, akuntabilitas PTAI