Perguruan Tinggi Keagamaan Islam (dulu Perguruan Tinggi Agama Islam) sejak awal berdirinya didesain sebagai lembaga pendidikan tinggi khusus bidang kajian keagamaan (keislaman). Hal ini dapat dilihat dari penamaan Fakultas, seperti Tarbiyah, Syari’ah, Ushuludin, Dakwah dan sebaganya. Namun, seiring dengan perkembangan zaman, mulailah dimasukkan jurusan umum terutama di Fakultas Tarbiyah seperti Pendidikan Matematika, Pendidikan Biologi, Pendidikan Bahasa Inggris dalam rumpun Jurusan Tadris. Di era reformasi dengan mulus dilakukan program integrasi ilmu-ilmu keislaman dengan ilmu umum untuk menepis adanya dikotomi ilmu dalam tubuh PTKI. Berubahlah IAIN menjadi umum dengan membuka Fakultas umum yang terintegrasi dengan Fakultas ilmu-ilmu kegamaan seperti Fakultas Tarbiyah dan Keguruan, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam, Fakultas Hukum dan Syari’ah dan lain-lain. Guna memperlancar program integrasi ilmu tersebut khususnya bagi Perguruan Tinggi Keagamaan Islam (PTAI), Pemerintah mengeluarkan kebijakan untuk menata fakultas dan Jurusan/Program Studi dengan keluarnya SK Dirjen Pendidikan Islam Kementerian Agama RI nomor 3389 tentang Penamaan Perguruan Tinggi Agama Islam, Fakultas dan Jurusan pada PTAI. Kebijakan yang bermaksud baik ini ternyata menimbulkan banyak masalah seperti terjadinya pertentangan dengan Undang-undang Pendidikan Tinggi, menambah pembiayaan yang memberatkan khususnya dikalangan Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Swasta serta ketidaksesuaian dengan kebijakan program Pendidikan Profesi Guru (PPG).