Melihat dari fenomena kekerasan yang terjadi di Indonesia, baik isu-isu terorisme maupun kekerasan yang dilakukan oleh ormas-ormas radikal, maka doktrin Jihad dan Amar ma’ruf nahi munkar merupakan doktrin yang relevan untuk dibahas. Kedua doktrin ini merupakan doktrin fundamental yang menjadi landasan tindakan teroisme dan kekerasan yang mereka lakukan. Jihad dalam al-Qur'an sesungguhnya bersifat difa'i [tindakan defensif] bukan ofensif-represif [memulai terlebih dulu]. Wazan " qaatala " yang bermakna "li al-musyarakah" bukan "qatala" yang digunakan al-Qur'an mendukung kesimpulan ini. Sedangkan al-amru bi al-ma’ruf wa nahi an-almunkar, lebih mengarah pada sikap moral kaum muslim dalam kehidupan sosial. Ma’ruf, menunjukkan kebajikan yang telah disepakati bersama, yang didalamnya tentu mengandung kemaslahatan, yang legitimasinya adalah tertuang dalam bentuk hukum-hukum tertulis atau undang-undang yang disepakati. Maka dalam hal ini tentunya dikeluarkan oleh negara yang berstatus demokratis, yang dalam hal ini publik mesti mentaatinya demikian juga sebaliknya al-Munkar. Dengan demikian tidak ada ruang bagi publik atau kelompok tertentu memiliki kewenangan untuk melakukan kekerasan atau ‘main hakim sendiri’ dalam pelaksanaannya, melainkan dilakukan oleh Negara ataupun aparat atau lembaga yang ditunjuk oleh negara.