Morotai Island is one of the locations which left many traces of World War II in Indonesia. This suggests that Morotai Island has a strategic geographical position for the two military forces involved at the time. In this context, the legacy of World War II in Morotai has important historical value to be preserved, one of them through the establishment of a museum. This study aimed to develop appropriate thematic concept for presentation of the museum. Literature study and field observations conducted to obtain data related to the historical and archaeological remains exist in the study area. The results of this study, obtained information about the actual condition of archaeological remains exist in Morotai, as well as the formulation of the concept of thematic presentation of the exhibition. Thus, early studies of this thematic concepts can provide the storyline, so as to give weight to the information of the existing archaeological remains in the Morotai.Pulau Morotai merupakan salah satu lokasi yang banyak meninggalkan jejak Perang Dunia II di Indonesia. Hal ini menunjukkan bahwa Pulau Morotai memiliki posisi geografis yang strategis bagi dua kekuatan militer yang terlibat saat itu. Dalam konteks inilah, peninggalan Perang Dunia II yang ada di Morotai memiliki nilai sejarah yang penting untuk dilestarikan, salah satunya melalui pendirian sebuah museum. Penelitian ini bertujuan untuk menyusun konsep tematik yang tepat bagi penyajian museum. Studi pustaka dan observasi lapangan dilakukan untuk memperoleh data terkait dengan sejarah dan tinggalan arkeologi yang ada di lokasi penelitian. Hasil kajian ini, diperoleh informasi tentang kondisi aktual tinggalan arkeologi yang ada di Morotai, serta rumusan tentang konsep tematik penyajian pameran. Dengan demikian, studi awal konsep tematik ini dapat memberikan alur cerita atau storyline, sehingga mampu memberikan bobot informasi tinggalan arkeologi yang ada di Morotai.