Sepanjang pesisir pantai pada perairan di kawasan Kecamatan Bulang Kota Batam sebagai lokasi penelitian dengan banyak dijumpai pemukiman penduduk dan industri galangan kapal (Shipyard) serta banyak mengeluarkan limbah yang langsung dibuang keperairan terbuka. Sampai saat ini masih minim informasi tentang populasi bakteri heterotrof, sehingga di perlukan pengkajian secara biologi perairan yakni bagaimana populasi bakteri Heterotrof di perairan Pulau Bulang Batam. Tujuan mengetahui estimasi total bakteri umum dan virus (TBU;TBV) serta hubungan antara padatan populasi bakteri dengan kondisi in-situ kualitas antar perairan yang berbeda. Penelitian bersifat lapangan insitu dengan pengambilan sampling secara teknik purposive sampling dan ek-situ yakni sampel air segera di bawa ke Laboratorium Uji Kesehatan Ikan dan Lingkungan Balai Budidaya Laut. Analisis dengan pendekatan deskriptif dan kuantitatif untuk mencari hubungan antara perkiraan populasi bakteri heterotrof dengan kondisi kualitas air antar lokasi sampling menggunakan pendekatan analisis sidik ragam (Ansira). Hasil sebagai berikut: a) bahwa diperkiraan populasi bakteri heterotroph baik total bakteri umum (TBU) maupun total bakteri virus (TBV) yang nyata dengan kecenderungan (trend) meningkat akibat adanya perubahan kualitas in-situ perairan, yakni pada lokasi Kuala Bulang 2 dan Selat Awa; b) Kandungan nitrat memperlihatkan kisaran nilai yang tinggi berada di lokasi Selat Awa dan terendah terdapat pada stasiun Teluk Sepaku serta ammonium memperlihatkan nilai tertinggi pada stasiun Kuala Bulang Dua dan  kandungan phospat kandungan tertinggi di stasiun Selat Awa, sehingga akan menimbulkan terjadinya peledakan populasi  (blooming); dan c) Hubungan korelasi antar stasiun pengamatan terhadap sebaran kepadatan total bakteri umum maupun vibrio (TBU/TBV) tampaknya tidak nyata (non-signifikan). Walaupun tingkat hubungan (nilai r) lebih dari 50%. Begitupula terhadap parameter kualitas air, hanya ada indikasi korelasi signifikan yakni Ammonium (NH4 -OH; mg/L; r=56,33%) yang cukup berhubungan dengan kondisi padatan dan sebaran bakteri umum ataupun vibrio. Sedangkan unsur Phosphat (PO4-P; mg/L) memiliki nilai korelasi dengan populasi TBV cukup tinggi dan positip (r=68,34%). Kadar phosphat pada batas terendah, sangat penting untuk pertumbuhan organisme bakteri di perairan terbuka laut.