Pendidikan Tinggi Agama Islam Negeri adalah komponen penting Islam di Indonesia dan menjadi sarana di mana pemerintah dan masyarakat Muslim Indonesia masing-masing berusaha untuk mendefinisikan Islam Indonesia. Lembaga ini telah terlibat dalam perdebatan tentang karakter Islam Indonesia sejak awal berdirinya. Baru-baru ini, IAIN dan UIN mengalami pergeseran dari mandatnya semula yaitu mencetak tenaga pendidikan Islam dan pejabat pemerintah Islam Indonesia. Hal ini telah menimbulkan kekhawatiran tentang masa depan lembaga itu sendiri. Selanjutnya, sebagian kalangan mulai mengkhawatirkan tentang apa yang disebut perspektif “liberal” atau “progresif” yang banyak ditemukan di beberapa kampus. Akhirnya, mengedepankan tradisi pesantren di kampus-kampus IAIN/UIN selama ini menjadi salah satu cara untuk menangani isu tersebut. State Islamic Higher Education is a critical component of Islam in Indonesia and the ways in which the government of Indonesia and the Muslim community each seek to define Indonesian Islam. These institutions have been embroiled in debates about the nature of Islam since their beginning. Recently, IAIN and UIN have moved beyond their original mandate of training Islamic teachers and government officials. This has raised concerns about their future. Further, some have been concerned about so called “liberal” or “progressive” perspectives found on the campuses. Finally, an emphasis of the pesantren tradition on IAIN/UIN campuses has been one way in which these concerns have been addressed.