AbstractThe development of Islamic education for marginalized community should be handled in different wayfrom any other that has better access to adequate education. In some regions where the people have little access to development and are isolated and far from passable infrastucture such as Jayapura, the Islamic education, called Madrasah, is addressed to focus on self-empowerment especially to solve their facing problems in a more independent manner while perceiving either the problem analysis or expected requirement level. To this end, the government may play a companion role to provide both direct and indirect support toward an improved Madrasah education for the community in question. Therefore, a greater public participation can be realized through tirelessly maintained cultural values of self-reliance and mutual help so that the developed model will become a people’s education. Madrasah in marginal communities would provide public participation as part of the development for the better. AbstrakPengembangan pendidikan madrasah di komunitas marjinal sudah sepantasnya berbeda perlakuannya dengan komunitas lain yang lebih banyak mendapatkan akses pendidikan yang memadai, di komunitas yang masyarakatnya sulit mendapatkan akses pendidikan yang memadai. Di komunitas yang masyarakatnya sulit mendapatkan akses pembangunan, terpencil, dan jauh dari infrastruktur yang memadai, seperti jayapura maka layanan pendidikan madrasahnya lebih diarahkan pada pemberdayaan diri, terutama untuk memecahkan persoalannya sendiri secara lebih mandiri dengan melihat analisis persoalan dan tingkat kebutuhan yang diharapkan. Dalam posisi ini, pemerintah bertindak sebagai pendamping yang akan memberikan support scala langsung maupun tidak langsung terhadap peningkatan pendidikan madrasah di komunitas marjinal. Oleh karena itu, tingkat pelibatan masyarakat lebih besar karena kultur yang dimilikinya masih kuat nilai-nilai keswadayaan dan gotong royong sehingga model madrasah yang dikembangkan merupakan pendidikan masyarakat. Madrasah di komunitas marjinal akan memberikan partisipasi masyarakat sebagai bagian dari pengembangan ke arah lebih baik.