Hundreds of Islamic higher education has been developing in Indonesia. Despite its existence, the struggle may not yet be considered significant compared to public universities. On the other hand, Indonesia has a high level of multiculturalism and major religious communities which can trigger a better product of Islamic higher education. This fact shows that prominent problems still rise both in the structure and paradigm of the distinct teaching, also in the level of how scholar responses in contemporary issues. The blame can be taken to the reality that the learning paradigm and structure are still providing limitation in specific religious knowledge. In order to establish an Islamic higher education to be called the center of learning and research as an agent of civilization development, the religious and integral social culture education must be capable in determining the cultural context and geo-history of the people which affects both the internality of a religion and the daily practices. Puluhan bahkan ratusan pendidikan tinggi agama Islam telah ada di Indonesia. Bila dibandingkan dengan pendidikan tinggi umum, kiprahnya pun masih belum terlihat banyak. Padahal, di tengah tingkat keberagamaan dan jumlah pemeluk agama yang besar, tentu keberadaan dan perannya bisa lebih dari apa yang terlihat sekarang. Artinya, ada masalah krusial, baik dalam struktur dan paradigma keilmuan yang diajarkan, maupun tingkat pemahaman para sivitas dalam menjawab isu-isu kontemporer. Ujung pangkalnya tetap satu, yaitu struktur dan paradigma keilmuan yang masih sebatas pengkajian spesifik ilmu-ilmu agama saja. Pendidikan integral ilmu agama dan keilmuan sosial kebudayaan yang bisa membaca dan mengangkat konteks kultur dan geo-historis masyarakat, yang berpengaruh dalam internalisasi keagamaannya ataupun praktik kehidupan pelaku, sangat penting untuk dirumuskan dan ditetapkan sebagai bagian tidak terpisah mencipta pendidikan tinggi agama Islam yang menjadi center of learning and research, sekaligus agen perubahan di masyarakat.