AbstractThe study aims to know the existence of operation of madrasah in regions with few moslems in Manokwari Regency, West Papua Province. Using qualitative method, the study result shows that the operation of madrasah in the study location is initiated by migrant people from outside Papua. All madrasahs there are operated in Transmigration settlements and in Hidayatullah pesantren. If we see eight components of education, the madrasahs generally have not met the SNP. From the government policy, the madrasahs have not gained equal treatment from the regional government and the regional parliament due to political, socio cultural, religious and ethnicity factors while the policy of the ministry of religion still refers to the government’s policy through the Central Government’s Performance Plans not realized in accordance with the region’s need. The relationship between the madrasahs and the migrant people is good as the people need comprehensive Islamic educational service and formal education is yet available in their settlements. However, the relationship with indigenous people is hampered by regulations imposed on migrants that sometimes bring loss. AbstrakPenelitian ini bertujuan untuk mengetahui eksistensi penyelenggaraan madrasah di daerah minoritas muslim di Kabupaten Manokwari, Propinsi Papua Barat. Dengan menggunakan metode kualitatif, hasil penelitian menunjukkan bahwa penyelenggaraan madrasah di lokasi penelitian dilatarbelakangi kedatangan masyarakat migran dari luar Papua. Seluruh madrasah di sana berdiri di lokasi Pemukiman Transmigrasi dan di lingkungan pondok pesantren Hidayatullah. Dilihat dari kondisi delapan komponen pendidikan, umumnya madrasah tersebut belum memenuhi SNP. Dilihat dari kebijakan pemerintah, madrasah belum memperoleh kebijakan yang berkeadilan dari Pemda maupun DPRD, yang disebabkan oleh faktor politik, sosial budaya, agama dan etnis. Sedangkan kebijakan Kemenag sendiri masih mengacu pada kebijakan pusat melalui Rencana Kinerja Pusat (RKP) yang terkadang realisasinya tidak sesuai dengan kebutuhan daerah. Hubungaan madrasah dengan masyarakat migran cukup baik, karena pendirian madrasah memang dikehendaki oleh masyarakat tersebut, karena masyarakat sangat membutuhkan layanan pendidikan agama Islam yang utuh dan layanan pendidikan formal yang memang belum tersedia di sekitar pemukiman mereka. Namun hubungan dengan masyarakat penduduk asli, terkendala dengan aturan-aturan yang berlaku yang juga diterapkan pada penduduk pendatang yang terkadang merugikan.