Pemungutan dan pengelolaan zakat saat ini dilakukan oleh Badan Amil Zakat Nasional dan dibantu oleh Lembaga Amil Zakat yang didirikan masyarakat. Hal ini tentu menjadi permasalahan karena seharusnya pemerintah lah yang berkewajiban untuk melakukan pemungutan dan pengelolaan zakat. Kemudian dalam pengelolaannya pun dana zakat masih belum dikelola dengan baik, bahkan terkesan terdapat suatu bidang yang dibiayai baik oleh zakat maupun oleh pajak. Hal ini disebabkan oleh belum terintegrasinya sistem pajak dan zakat di Indonesia baik dalam pemungutannya maupun pengelolaannya. Penelitian ini menunjukkan bahwa terdapat beberapa belanja pemerintah yang dapat dibiayai oleh zakat sehingga dengan pemungutan dan pengelolaan zakat yang lebih baik, mengakibatkan adanya perbaikan dalam defisit anggaran pemerintah dan saldo utang pemerintah yang semakin berkurang. Selain itu, penelitian ini memberikan usulan mengenai integrasi sistem pemungutan pajak dan zakat di Indonesia serta bagaimana hubungan antara zakat dan pajak dalam hal kewajiban pemenuhannya yang terutang kepada seseorang atau suatu badan yang sama.