Eksistensi kejaksaan dalam struktur ketatanegaraan Indonesia memiliki posisi yang dilematis selama ini. Di satu sisi, kejaksaan adalah lembaga penegak hukum yang menjalankan kekuasaan penuntutan secara independen, sedangkan di sisi lain adalah bagian dari lembaga pemerintahan berdasarkan Undang-Undang Nomor Nomor 16 Tahun 2004 tentang Kejaksaan Republik Indonesia. Kedudukan kejaksaan sebagai lembaga pemerintahan selama ini dirasakan menyebabkan independensi kejaksaan tidak optimal sehingga muncul stigma bahwa kejaksaan hanyalah sebagai alat kekuasaan dari yang memerintah. Selain itu, ditinjau dari segi pengaturan yang hanya berdasarkan undang-undang, kejaksaan tidak mempunyai legal standing sebagai organ konstitusi yang mempunyai kewenangan konstitusional sehingga kedudukannya saat ini tidak merefleksikan urgensitas tugas dan fungsi yang dimilikinya. Dalam upaya menata institusi kejaksaan ke depan sebaiknya diatur langsung oleh konstitusi. Hal ini dimaksudkan untuk menjadikan kejaksaan sebagai bagian dari main state organ yang mempunyai legal standing sama seperti lembaga penegak hukum lainya, yaitu Kepolisian dan Pengadilan (Mahkamah Agung dan Mahkamah Konstitusi). Selain itu, untuk memerkuat dan memerjelas kedudukan sebagai lembaga negara, memusatkan kewenangan penuntutan berada di kejaksaan sebagai central of authority, membenahi hubungan kelembagaan antar sesama penegak hukum maupun lembaga terkait dan memperkuat independensi kejaksaan dalam menjalankan fungsi penuntutan dalam struktur ketatanegaraan Indonesia.