The purpose of this study aims to determine the innovation management of coral reefs in the perspective of governance and to determine the factors supporting and inhibiting innovation coral reef management by local governments. This type of research is descriptive qualitative. The results showed the involvement of stakeholders in transplanting corals and supervision in the field of conservation of marine protected areas, there is a match between local knowledge and modern knowledge. Supervision and control is carried out by the Ministry of Maritime Affairs and Fisheries, Marine and Fisheries Agency well as the community watchdog group. Surveillance and monitoring operations have been allocated budgets of state and local budgets. Authority management refers to the laws, ministerial regulations , local regulations , village regulations and the values of local wisdom   Tujuan penelitian ini bertujuan untuk mengetahui inovasi pengelolaan terumbu karang dalam persfektif tata kelola dan untuk mengetahui faktor pendukung dan penghambat dalam inovasi pengelolaan terumbu karang yang dilakukan oleh pemerintah daerah. Tipe penelitian ini deskriptif kualitatif. Hasil penelitian menunjukkan adanya keterlibatan para pemangku kepentingan dalam melakukan transplantasi karang dan pengawasan dibidang konservasi daerah perlindungan laut, terdapat kesesuaian antara pengetahuan lokal dan pengetahuan modern. Pengawasan dan pengendalian dilakukan oleh kementerian Kelautan dan Perikanan, dinas kelautan dan perikanan serta kelompok masyarakat pengawas. Operasi pengawasan dan pemantauan mendapat alokasi anggaran dari APBN dan APBD. Otoritas pengelolaan mengacu kepada undang-undang, peraturan menteri, peraturan daerah, peraturan desa serta nilai-nilai kearifan lokal.