Pada era globalisasi sekarang ini, kiranya diperlukan adanya format kelembagaan yang kokoh dari sisi ideology atau moral dan kuat dalam mengembangkan sains untuk kemajuan peradaban Islam. Format kelembagaan perguruan tinggi itu adalah “Perguruan Tinggi Pesantren”. Ada beberapa alasan dalam memformulasi perguruan tinggi pesantren itu: Pertama, jumlah peserta didik usia 13-24 tahun di pedesaan masih di bawah 30% (survey BPS tahun 2008). Jumlah lembaga pendidikan tinggi yang dikembangkan oleh Kementerian Pendidikan Nasional dan Kementerian Agama belum cukup memadai. Kedua, keinginan generasi muda pedesaan untuk memperoleh pendidikan sampai ke tingkat perguruan tinggi semakin kuat. Namun kemampuan ekonominya untuk membayar sumbangan pembiayaan pendidikan sangat rendah. Sementara itu, pesantren dapat mengelola dana pembiayaan pendidikan yang sangat terbatas secara lebih efesien. Ketiga, dosen-dosen yang dibutuhkan dalam berbagai studi 5-10 tahun ke depan semakin mudah diperoleh, karena lulusan S.2 dan S.3 PTN/PTS dan PTAIN/STAIN/UIN semakin meningkat dan memerlukan pengembangan diri. Untuk kemanfaatan ilmunya pada masyarakat yang lebih memerlukan di pedesaan. Kata Kunci: Perguruan Tinggi, Pesantren