Pemberlakuan kebijakan PERMA No.1 Tahun 2008 tentang Prosedur Mediasi di Pengadilan ditandai perubahan fundamental, yaitu proses penyelesaian sengketa dapat dipersingkat karena para pihak yang berperkara tidak harus menempuh seluruh tahapan proses persidangan, tetapi cukup sampai pada pra pemeriksaan jika para pihak berhasil mencapai kesepakatan perdamaian melalui mediasi di awal persidangan. Di Pengadilan Agama Pamekasan pelaksanaan mediasi diberlakukan untuk perkara yang dihadiri oleh kedua belah pihak yang berperkara. Pada umumnya para pihak memilih mediator dari pihak hakim karena tidak ada kewajiban biaya tambahan untuk jasa mediator. Mereka dapat menghadap mediator secara langsung di ruang hakim setelah tidak dapat didamaikan pada proses litigasi/persidangan pertama. Kendala Pelaksanaannya adalah: (a) Ketidaktahuan para pihak tentang urgensi mediasi; (b) Sikap tidak koperatif aparat desa baik kepada para pihak yang memasrahkan perkaranya maupun pada para pihak yang tidak memasrahkannya; dan (c) keterbatasan sarana dan prasarana pelaksanaan mediasi. Solusi atas Kendala Pelaksanaan Mediasi Integratif adalah: (a) Untuk mengatasi keengganan atau sikap apatis para pihak menjalani proses mediasi adalah setengah dipaksa setelah mediator tidak berhasil menjelaskan urgensi mediasi; (b) Untuk mengatasi sikap tidak koperatif dari aparat desa ditempuh cara persuasif dengan menjelaskan urgensi mediasi; dan (c) Untuk mengatasi kendala kelengkapan sarana dan prasarana, mediasi terpaksa dilaksanakan di ruang hakim