Sistem pendidikan nasional telah diarahkan pada suatu bentuk pendidikan yang sangat intelektualistis, karena hanya mengembangkan beberapa aspek terbatas dari intelegensi manusia dan telah melahirkan manusia dengan kepribadian ganda (split personality). Gagasan mengenai pendidikan karakter di sekolah menginginkan perubahan dalam mewujudkan manusia Indonesia seutuhnya, yang berpegang teguh pada nilai-nilai keagamaan dan kemasyarakatan. Untuk itu, RSBI SMPN 1 Pamekasan mengembangakan pendidikan karakter dengan model “sistemik-integratif”. Dalam konteks pendidikan karakter, model ini bertolak dari pandangan bahwa aktivitas kependidikan merupakan suatu sistem yang terdiri atas komponen-komponen yang hidup bersama dan bekerja sama secara terpadu menuju tujuan tertentu, yaitu terwujudnya hidup religius yang dijiwai oleh ajaran dan nilai agama. Integratif, karena pendidikan karakter memang tidak bisa dipisahkan dengan aspek lain dan merupakan landasan dari seluruh aspek termasuk seluruh mata pelajaran. Pendidikan karakter harus bisa dilaksanakan secara terintegrasi pada semua pembelajaran bidang studi.