Abstract Since long time ago, pondok pesantren (islamic boarding school) has been considered as a moderate institution. It also gives priority to peaceful ways in dealing with conflict. Unfortunately, such known attitude is now being strongly questioned due to some vestedinterests found in the pesantren community. The various motives in religions, politics,economics, social, etc among the people lead pesantren to be vulnerable to conflict. Using qualitative method, this article intended to explore the mindset, characters, and attitudesof the people in pesantren in dealing with various “ikhtilaf” (disputes) that later used as means to portray peace cultures in the pesantren. The findings of the research showed that both pesantrens (Nurul Ummah and Ar-Romli) had never been in serious externalconflict. Nevertheles, they had applied the principles of peace cultures well.Keywords: pesantren, ikhtilaf, peace culture, Pesantren Nurul Ummah, Pesantren ArRomli AbstrakPondok pesantren awalnya dianggap sebagai lembaga Islam yang moderat dan kental dengan tradisi damai dalam menghadapi berbagai bentuk perbedaan. Saat ini sikapmoderat pondok pesantren mulai dipertanyakan. Ditemukan fakta adanya pamrih politik, ekonomi, dan sosial dalam komunitas pondok pesantren yang menyebabkannyamenjadi tidak imun konflik. Penelitian ini dengan pendekatan kualitatif bermaksud mengeksplorasi kembali pola pikir, pandangan, karakter, dan sikap pengasuh atau santri pesantren dalam menghadapi “ikhtilaf” baik dalam paham keagamaan, politik, maupun budaya. Hasil eksplorasi digunakan untuk mengkonstruksi ada tidaknyanilai-nilai atau budaya “damai” yang tumbuh di pesantren baik dari sisi sistem, proses, maupun instrumen. Dari hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa kedua pondok pesantren (Nurul Ummah dan Ar-Romli Yogyakarta) belum pernah mengalami konflik ekstern yang membutuhkan penanganan mendalam. Meskipun demikian, kedua pondok pesantren ini sudah mengaplikasikan prinsip-prinsip budaya damai dan menghadapi ikhtilaf dengan bijak.Kata kunci: pesantren, ikhtilaf, budaya damai, Pesantren Nurul Ummah, Pesantren Ar-Romli