Penelitian ini membahas peran kepemimpinan Kepala Sekolah dalam mewujudkan budaya pendidikan budi pekerti di SMP Negeri 3 Salatiga. Masalah yang diteliti dalam penelitian ini adalah bagaimana pembiasaan beragama dan berbudi pekerti siswa SMP Negeri 3 Salatiga tahun 2014/2015. Sesuai dengan pendekatan kualitatif, kehadiran peneliti di lapangan penting sebagai instrumen langsung sebagai pengumpul data dari observasi mendalam dan terlibat secara aktif dalam penelitian. Penulis menggunakan teknik pengumpulan data dengan cara observasi, wawancara, dan dokumentasi sebagai pengamat untuk data yang telah diperoleh dari hasil wawancara terhadap peran kinerja kepemimpinan kepala sekolah dalam pembiasaan beragama dan berbudi pekerti di SMP Negeri 3 Salatiga pada tahun 2014/2015. Analisis data dilakukan dengan memeriksa data yang ada, reduksi data, penyajian data, menarik kesimpulan kemudian validitas data dengan menggunakan pengamatan triangulasi. Berdasarkan penelitian, peneliti menyimpulkan bahwa peran kepemimpinan sekolah sebagai pendidik, manajer, administrator, supervisor, pemimpin, inovator dan motivator. Pembiasaan karakter religius dan budi pekerti adalah untuk mengatur kegiatan, baik yang bersifat rutin, spontan, terprogram, maupun keteladanan. This study discusses the role of Principal leadership in bringing cultures of moral education in SMP Negeri 3 Salatiga. The problems are examined in this study is how the religious and well-mannered habituated to students of SMP Negeri 3 Salatiga in the year of 2014/2015. In accordance with a qualitative approach, the presence of researchers in the field is important to remember to act directly as a researcher and as a direct instrument of collecting data from the depth observation and are actively involved in research. The author uses data collection techniques by observation, interviews, and documentation as an observer to the data which have been obtained from interviews on the role of school leadership performance of religious habituation and virtuous character in SMP Negeri 3 Salatiga in the year of 2014/2015. The data analysis was done by examining existing data, data reduction, data presentation, draw conclusions then entered into the validity of the data using triangulation observations persistence. Based on the research, the researcher concludes that the role of school leadership is as an educator, manager, administrator, supervisor, leader, innovator and motivator. The principal religious and virtuous character habituations are to organize activities both routine, spontaneous, programmatic, and exemplary. Kata kunci: kepemimpinan, pembiasaan, budi pekerti