Indonesia dihuni oleh sebuah bangsa yang memiliki kelimpahan aneka seni dan budaya. Salah satu produk budaya yang khas nusantara adalah naskah kuno. Maka menjadi sebuah keniscayaan menjadikan naskah kuno sebagai bagian dari sumber utama dalam meneguhkan Islam nusantara. Maka ilmu filologi mutlak diperlukan. Paper ini akan membahas ruang lingkup manuskrip di nusantara serta menjelaskan pemahaman tentang pendekatan filologi secara teoritis dan praktis. Penulisan paper ini merupakan bagian dari penguatan theoretical framework  melalui review literatur secara kritis. Kesimpulannya adalah bahwa hampir di setiap kota lintas pulau di Indonesia ditemukan sejumlah manuskrip dengan ragam aksara, bahasa dan materi isinya yang mencerminkan kedalaman spiritualitas bangsa. Salah satu tugas filolog adalah peran pokoknya adalah melakukan transliterasi (alih aksara), agar naskah kuno tersebut bisa dibaca lebih luas dan selanjutnya mengkajinya secara interdisipliner sebagai bahan untuk rekonstruksi budaya. Sejauhmana produk riset filologis tersebut memberi kontribusi keilmuan tergantung kecerdasan dan kreatifitas peneliti mendialogkan dengan disiplin keilmuan yang ditekuninya sehingga mampu  meneguhkan identitas Islam nusantara yang dikenal ramah dan harmoni dalam relasi dengan Tuhan, sesama manusia dan lingkungan.