The rate of margin in the contract murabaha not only affects on the level of profit sharing of shareholders, but also affect on the depositors. This study aimed to analyze the factors that influence on the determination of the profit margin in the murabaha financing. The analytical method used is multiple linear regression analysis with the variable operating costs, profit targets, cost of funds, risk cost andthe average margin level market. Results of this study indicate that factors operating costs, risk of cost, and the average margin market significantly influence the determination of the profit margin onmurabaha financing at BMT in  Jepara Regency. While the factor cost of funds and profit targets not significantly affect the profit margin on murabaha financing.Tingkat margin yang ditentukan dalam akad murabahah tidak hanya berpengaruh terhadap tingkat bagi hasil pemegang saham, tetapi juga berpengaruh pada bagi hasil yang diberikankepada anggota penyimpan dana. Inikarena Murabahah merupakan akad pembiayaan yang paling dominan di lembaga keuangan syariah. Kajian ini bertujuan untuk menganalisis faktor-faktor yangberpengaruh terhadap penetapan profit margin pada pembiayaan murabahah. Metode analisis yang digunakan adalah analisis regresi linear berganda dengan variable biaya operasional, profit target, costof fund, risk cost dan tingkat rata-rata marjin pasar. hasil kajian ini menunjukkan bahwa faktor biaya operasional,  risk of cost, dan ratarata margin pasar berpengaruh signifikan terhadap penetapan profitmargin pada pembiayaan murabahah di BMT Se-Kabupaten  Jepara. Sedangkan faktor cost of fund dan profit target tidak berpengaruh secarasignifikan terhadap profit margin pada pembiayaan murabahah di BMT Se-Kabupaten  Jepara.