Arkeologi mengarahkan kajian pada benda-benda peninggalan manusia yang bersifat material dan berhubungan dengan periode paling kuno dalam sejarah umat manusia. Candi badut merupakan peralihan gaya bangunan klasik dari Jawa tengah ke Jawa timur. Awal mulanya hanya berupa gundukan batu, reruntuhan dan tanah. Sehingga diperlukan metode geomagnetic untuk mengetahui struktur dan posisi arkeologi Candi Badut. Pengambilan data dilakukan dengan menggunakan alat magnetometer jenis proton procession magnetometer (PPM) selama satu hari dengan luasan daerah 3025 m2, serta titik pengukuran dibuat dengan jarak 2.5 m sehingga menghasilkan 418 titik pengukuran. Interpretasi dilakukan secara kualitatif dan kuantitatif dengan menggunakan software surfer 10, magpick dan mag2dc. Hasil penelitian untuk interpretasi kualitatif diperoleh peta kontur anomali residual magnetik memiliki variasi nilai anomali antara -1000 nT - 800 nT. Kemungkinan nilai anomali tinggi diduga adalah candi induk dan pondasi pagar candi yang berada disebelah barat candi induk. Candi induk dan pagar candi terbuat dari batuan andesit. Untuk hasil interpretasi kuantitatif pada irisan AB didapatkan nilai suseptibilitas 0,613 pada batuan candi induk dengan kedalaman 3 m dan nilai suseptibilitas 0,23 pada pondasi pagar sebelah barat candi induk pada kedalaman 2 m.