Pada tahun ajaran 2008/ 2009, UIN Sunan Kalijaga membuka 2 (dua) Jalur Penerimaan Mahasiswa Baru, yaitu Jalur Reguler yang meliputi Tes Tulis dan Seleksi (seleksi khusus dan mahasiswa berprestasi), serta Jalur SNMPTN. Selama ini, penerimaan mahasiswa baru melalui jalur tes tulis hanya berdasarkan pilihan saat mendaftar dan hasil ujian tulis tanpa mempertimbangkan variabel lain seperti nilai UAN/ UAS. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variabel apa saja (nilai tes tulis dan nilai UAN/UAS) yang mampu membedakan karakteristik mahasiswa program studi yang satu dengan yang lainnya, sehingga memungkinkan untuk mengetahui besar tingkat misklasifikasi yang terjadi pada program studi cluster Sains Fakultas SAINTEK. Adapun alat analisis yang digunakan adalah analisis regresi logistik multinomial. Pada tingkat kepercayaan 90% diperoleh bahwa dari 7 (tujuh) variabel independen yang digunakan, terdapat 5 (lima) variabel yang mampu membedakan karakteristik mahasiswa baru program studi yang satu dengan yang lainnya, yaitu nilai tes numerik (NT_Numerik), nilai tes spasial (NT_Spasial), nilai UAN Matematika (UANMAT), nilai UAS Fisika (UANFIS), dan nilai UAS Kimia (UASKIM), sedangkan 2 (dua) variabel lainnya yaitu: nilai tes verbal (NT_Verbal) dan nilai UAS Biologi (UASBIO) tidak signifikan. Misklasifikasi mahasiswa baru jalur tes cukup tinggi, yaitu mancapai 35,1%. Misklasifikasi dari yang paling rendah berturut-turut adalah program studi Matematika 17,7%, program studi Kimia 33,3%, program studi Biologi 47,7%, dan yang paling tinggi program studi Fisika mencapai 50%. Sehingga proses penerimaan mahasiswa baru pada keempat program studi pada umumnya perlu mempertimbahkan nilai UAN/ UAS.