Pesantren merupakan salah satu lembaga pendidikan Islam di Indonesia, yang telah memainkan peranannya dalam perkembangan bangsa. Namun, akhir-akhir ini pesantren sering dikaitkan dengan aksi radikalisme dengan mengatasnamakan agama Islam. Tulisan ini akan mengkaji hal-hal yang menghambat terwujudnya kerukunan antar umat beragama, bagaimana sikap dan peran santri dalam mewujudkan kerukunan tersebut dengan melihat aspek sosio-historisnya, serta bagaimana problem solvingnya. Pemahaman terhadap nash yang hanya memperhatikan aspek tekstual saja tanpa mempertimbangkan aspek kontekstualnya akan melahirkan pemahaman yang tidak komperhensif, sehingga muncul aksi-aksi radikalisme yang menghambat terwujudnya kerukunan antar umat beragama. Dalam hal ini, permasalahannya bukan terletak pada pesantren secara umum, tetapi metode yang digunakan oleh sebagian pesantren dalam memahami teks agama. Dalam perjalanan sejarahnya, pesantren telah menjadi garda terdepan dalam memperjuangkan kemerdekaan Indonesia maupun dalam membangun kerukunan antar umat beragama. Tradisi-tradisi yang diterapkan di pesantren dapat membangun pemahaman tentang pluralisme bagi para santri, yaitu tradisi keilmuan dan keagamaan. Melalui kedua tradisi tersebut, santri dapat memahami makna pluralisme yang sebenarnya.