Untuk menghadapi tantangan di masa datang, organisasi pendidikan Islam diharapkan dapat menghasilkan sumber daya manusia yang bermutu, yang tidak saja tinggi kemampuan ilmu pengetahuan dan teknologinya (iptek), tetapi juga harus dilandasi iman dan taqwa kepada Allah , cinta tanah air, dan berbudi pekerti luhur (berkarakter), toleran, dan bahkan dari pendidikan Islam yang dapat melahirkan manusia yang mampu menghargai keanekaragaman budaya antar bangsa di dunia (cross-cultural education). Untuk menghasilkan sumber daya manusia yang bermutu tersebut dituntut adanya budaya (kultur akademis) dari organisasi pendidikan Islam sehingga mampu mengembangkan dirinya menjadi organisasi yang sehat dengan ciri-ciri: organisasi yang efektif mengantarkan kepada tujuan; struktur organisasi yang kokoh; orang-orang yang ada pada struktur memiliki kompetensi akademik, pemahaman yang benar, pengalaman dan keterampilan, keperibadian dan sikap yang benar yang menyebabkan organisasi maju; pemimpin memiliki kompetensi akademik, pemahaman, pengalaman, keterampilan, serta kepemimpinan yang mampu memimpin, mengelola dan mensinergikan semua sumberdaya untuk kemajuan organisasi.