Permasalahan pendidikan di Indonesia, berakar pada empat krisis pokok yakni kualitas, relevansi, elitisme, dan manajemen. Berbagai indikator kuantitatif dikemukakan berkenaan dengan keempat masalah di atas, antara lain analisis komparatif yang membandingkan situasi pendidikan antara negara di kawasan Asia. Namun demikian, pendidikan Islam yang dinilai justru lebih besar problematikanya, pendidikan Islam dipandang selalu berada pada posisi deretan kedua dalam sistem pendidikan nasional. Dalam Undang-undang sistem pendidikan nasional menyebutkan pendidikan Islam merupakan sub-sistem pendidikan nasional. Rumusan masalah yang dikemukakan pada kajian ini adalah dimana dan bagaimana seharusnya kebijakan membela posisi pendidikan islam di Indonesia yang berpusat pada kebijakan dalam sistem perundang-undangan nasional? Kebijakakan pendidikan merupakakan sub sistem dari kebijakan Negara secara keseluruhan. sehingga pada akhirnya pendidikan nasional harus dikembalikan kepada fungsinya yaitu memberdayakan masyarakat dengan mengembalikan kedaulatan rakyat untuk membangun dirinya sendiri. Paradigma mendasar dalam sistem pendidikan dalam kerangka Islam diantaranya adalah: (1) Islam meletakkan prinsip kurikulum, strategi, dan tujuan pendidikan berdasarkan aqidah Islam. (2) Pendidikan harus diarahkan pada pengembangan keimanan. (3) Pendidikan ditujukan untuk membangkitkan dan mengarahkan potensi-potensi baik yang ada pada diri setiap manusia selaras dengan fitrah manusia dan meminimalisir aspek yang buruknya. Pendidikan Islam didesak untuk melakukan inovasi tidak hanya yang bersangkutan dengan kurikulum dan perangkat manajemen, tetapi juga strategi dan taktik operasionalnya. Strategi dan taktik itu, bahkan sampai menuntut perombakan model-model sampai dengan institusi-institusinya sehingga lebih efektif dan efisien, dalam arti paedagogis, sosiologis dan cultural dalam menunjukkan perannya.