The spread of Islam in the Nusantara region cannot be separated from the Qur'an manuscripts, which are part of Indonesia's rich written heritage. Lasem is one of the cities known as a "kota pusaka" due to its abundant historical and cultural wealth, including religious manuscripts now housed in the Museum Islam Nusantara. This paper discusses the Qur'an manuscript in the Museum Islam Nusantara, Lasem, Rembang Regency, Central Java. The article aims to investigate the physical characteristics of Shaykh Musthofa's Qur'an manuscript and its textological aspects, including the form of rasm, the classification of makki madani surahs, the naming of surahs, the number of verses in each surah, and the presence of waqf marks. The method used is a descriptive-analytical approach to a single manuscript with a critical edition in the study of ancient manuscripts. The results of this study show that the creativity in writing the Qur'an in the Nusantara region has developed since the 19th century. This is evidenced by the presence of varied and complete waqf and tajweed marks in Shaykh Musthofa's Qur'an manuscript. This manuscript has inconsistencies in the writing of waqf marks across different surahs. The rasm follows the rules of rasm Uthmani but excludes aspects of ḥadzf al-ḥurūf and ma fih qira’atan wa kutib ‘ala ihdahuma. The number of verses in each surah differs from the Indonesian Standard Qur'an (MSQ) in 34 surahs. The manuscript also differs in the classification of Makki and Madani surahs from the Indonesian Standard Qur'an in 12 surahs. Furthermore, in the aspect of surah naming, there are differences with the Indonesian Standard Qur'an in 6 surahs.Abstrak: Jejak penyebaran agama Islam di Nusantara tidak dapat dilepaskan dari adanya manuskrip mushaf Al-Qur’an yang menjadi salah satu warisan kekayaan Indonesia melalui media tulis. Lasem merupakan salah satu kota yang dikenal dengan julukan “kota pusaka” karena memilki banyak kekayaan warisan dan sejarah yang sangat besar, salah satunya adalah manuskrip keagamaan yang kini tersimpan di Museum Islam Nusantara. Tulisan ini membahas tentang manuskrip mushaf Al-Qur’an di Museum Islam Nusantara Lasem, Kabupaten Rembang, Jawa Tengah. Artikel ini bertujuan untuk menginvestigasi karakteristik fisik manuskrip mushaf Al-Qur’an Syekh Musthofa dan aspek tekstologi manuskrip yang meliputi bentuk rasm, pengkategorian makki madani, penamaan surat, jumlah ayat dalam setiap surat, dan adanya tanda waqaf. Metode yang akan digunakan adalah metode deskriptif analitis pada naskah tunggal dengan edisi kritis dalam kajian naskah kuno. Adapun hasil penelitian ini menunjukkan bahwa kreativitas penulisan Al-Qur’an di Nusantara sudah mengalami perkembangan sejak abad 19. Hal ini dibuktikan dengan adanya tanda waqaf dan tanda tajwid yang variatif dan lengkap dalam manuskrip mushaf Syekh Musthofa. Manuskrip ini mempunyai inkonsitensi penulisan tanda waqaf dalam setiap suratnya. Penulisan rasmnya mengikuti kaidah rasm Utsmani tetapi mengecualikan aspek ḥadzf al ḥuruf dan ma fih qira’atan wa kutib ‘ala ihdahuma. Jumlah ayat dalam setiap suratnya memiliki perbedaan dengan Mushaf Standar Indonesia (MSI) yang terletak pada 34 surat. Manuskrip ini memiliki perbedaan pengkategorian makki madani dengan Mushaf Standar Indonesia pada 12 surat. Sedangkan pada aspek penamaan surah juga memiliki perbedaan dengan Mushaf Standar Indonesia yang terletak pada 6 surah.