MA Sunan Pandanaran ini merupakan lembaga pendidikan yang sangat dikenal baik di Yogyakarta maupun Luar Yogyakarta. Selain itu, MA Sunan Pandanaran mempunyai beberapa program layanan pendidikan dan kerjasama dengan berbagai lembaga pendidikan. Dengan kemampuan MA Sunan ini menunjukkan bahwa Manajemen Mutu di lembaga pendidikan tersebut dikelola dengan baik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui bagaimana lembaga pendidikan Islam yang berorientasi pada Mutu Pendidikan. Penelitian ini termasuk ke dalam jenis penelitian lapangan (field research) dengan pendekatan kualitatif. Peneliti mencoba menganalisis pengelolaan lembaga Pendidikan Islam yang berorientasi pada mutu pendidikan pesantren. Teknik pengumpulan data dapat dilakukan dengan Observasi (pengamatan), Interview (wawancara), dan Dokumentasi Gabungan ketiganya. Sistem pengendalian mutu MA sunan pandanaran dilakukan melalui Sumber Daya Manusia dengan mengadakan Teaching training center dan ada beberapa kegiatan yang di lakukandalam sistem pengendalian mutu, yaitu: Mengadakan breffing pagi sebelum masuk ke kelas jam pertama, Setiap akhir bulan mengadakan evaluasi kurikulum pembelajaran, Wali kelas, tenaga pendidik, guru mapel melakukan evaluasi sikap dan pengetahuan peserta didik. Sistem evaluasi MA Sunan pandanaran yaitu ada beberapa mekanisme yang dilakukan yaitu dari program monitoring dan evaluasi yang menyangkut: penyusunan rencana monitoring untuk setiap kegiatan, Melaksanakan monitoring dan evaluasi penyelenggaraan pendidikan, Menyusun Laporan, Tindak Lanjut Monitoring dan Evaluasi