Kebijakan pendidikan islam sangat mempengaruhi pada keberlangsungan lembaga pendidikan islam. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis dan mendeskripsikan problem kebijakan pendidikan islam. Metode penelitian ini menggunakan pendekatan studi kepustakaan, yakni penelitian yang dilakukan dengan tanpa lokasi penelitian, dimana seluruh data diambil melalui kajian terdahulu berupa buku dan artikel ilmiah yang relevan dengan tema penelitian. Teknik pengumpulan data dalam penelitian ini menggunakan dokumentasi, dengan teknik analisis data yakni reduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan. Hasil dari penelitian ini dapat dideskripsikan bahwa pendidikan islam berada pada posisi yang sangat strategis. Pendidikan islam adalah pendidikan yang dipahami dan dikembangkan dari ajaran dan nilai-nilai fundamental yang terkandung dalam sumber dasarnya Al-Quran dan As-Sunnah. Peralihan kekuasaan turut berdampak pada wajah pendidikan nasional yang terlihat dari kurikulum yang turut berganti sejak pra kemerdekaan hingga masa reformasi. Para pakar hendaknya turut serta dalam proses pengambilan kebijakan pendidikan, mengingat pendidikan islam sangat bergantung pada kebijakan pendidikan nasional. Pendidikan islam diharapkan mampu menghasilkan lulusan yang akan mampu memainkan peran penting di semua sektor kehidupan bangsa, baik dalam sektor agama, sosial, ekonomi, politik, ilmu pengetahuan dan teknologi. Problem pendidikan islam adalah pemerintah daerah beranggapan bahwa madrasah tidak menjadi bagian tugasnya karena belum diotonomikan, sedangkan pemerintah pusat mengira kebutuhan madrasah telah dicukupi oleh pemerintah daerah, sehingga nasib madrasah semakin kurang diperhatikan terutama oleh pemerintah daerah.