Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh penerapan pembelajaran Biologi berbasis socio scientific issues (SSI) topik sistem reproduksi terhadap literasi kesehatan siswa. Penelitian ini menggunakan desain quasi-experiment yang melibatkan dua kelas masing-masing sebagai kelas eksperimen (E) dan kelas kontrol (C). Variabel bebas pada penelitian ini adalah model pembelajaran yang digunakan yaitu socio scientific issues (SSI) untuk kelas eksperimen dan metode pembelajaran cooperative learning STAD untuk kelas kontrol. Variabel terikat pada penelitian ini adalah kemampuan literasi kesehatan siswa. Variabel kontrol dalam penelitian ini adalah samanya pendidik, materi yang diajarkan, alokasi waktu pembelajaran, dan alat evaluasi yang digunakan pada kedua kelas. Data kemampuan literasi kesehatan siswa didapatkan dengan tes dalam bentuk soal uraian dan data keterlaksanaan pembelajaran didapatkan dengan lembar observasi yang telah divalidasi. Teknik analisis data yang digunakan untuk mengetahui pengaruh penerapan pembelajaran berbasis socio scientific issues (SSI) terhadap kemampuan literasi kesehatan siswa adalah paired sample t-test, independent sample t-test, normalitas gain, dan effect size.  Hasil dari penelitian menunjukkan bahwa pembelajaran Biologi berbasis socio scientific issues (SSI) topik sistem reproduksi berpengaruh signifikan terhadap kemampuan literasi kesehatan siswa. Besar pengaruh pembelajaran SSI melalui uji normalitas gain sebesar 0,38 (sedang) dan uji effect size sebesar 2,122 (large effect).