Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan problem solving siswa SMA Negeri di Kota Yogyakarta dalam mata pelajaran biologi berdasarkan program penjurusan dan jenjang kelas. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian deskriptif dengan menggunakan metode survei. Populasi penelitian adalah  semua siswa kelas X dan XI MIA/IPA SMA Negeri 2 Yogyakarta dan SMA Negeri 10 Yogyakarta. Teknik pengambilan sampel adalah cluster sampling, sehingga diperoleh sampel empat kelas dari tiap sekolah. Metode pengambilan data menggunakan tes dan observasi. Analisis data menggunakan statistik deskriptif  dan uji Mann Whitney U.  Hasil  penelitian menunjukkan bahwa tingkat kemampuan problem solving siswa kelas X dan XI SMA Negeri di Kota Yogyakarta sebagian besar termasuk dalam kategori sedang. Kemampuan problem solving siswa pada program penjurussan MIA dan IPA terdapat perbedaan yang signifikan, pada program penjurusan MIA lebih tinggi dari program penjurusan IPA. Kemampuan problem solving siswa berdasarkan jenjang kelas terdapat perbedaan yang signifikan, pada kelas XI lebih tinggi daripada kelas X.  Kata kunci: jenjang kelas, kemampuan problem solving, program penjurusan MIA dan IPA