Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ragam pertanyaan peserta didik dalam pembelajaran biologi kelas XI SMA Negeri pelaksana kurikulum 2013 di Kota Yogyakarta berdasarkan sifat materinya. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif yang bersifat kuantitatif menggunakan metode observasi. Teknik pengambilan data yaitu mendata pertanyaan peserta didik yang muncul saat pembelajaran. Teknik analisis data dengan mengelompokkan setiap pertanyaan ke dalam ranah kognitif, afektif, atau keterampilan proses sains kemudian dilakukan analisis statistika deskriptif. Hasil analisis data menunjukkan materi yang fenomenanya dapat diamati secara langsung mempunyai sebaran pertanyaan ranah kognitif pada jenjang C1-C6 dengan pertanyaan mendominasi C1-C2; pertanyaan afektif muncul pada jenjang A1-A4, dengan pertanyaan mendominasi A2; dan pertanyaan ranah keterampilan proses sains muncul pertanyaan K1 dan K5. Sementara itu, materi yang fenomenanya tidak dapat diamati secara langsung mempunyai sebaran pertanyaan ranah kognitif pada jenjang C1-C5 dengan pertanyaan mendominasi C4; pertanyaan afektif muncul pada jenjang A2; dan pertanyaan ranah keterampilan proses sains muncul pertanyaan K1. Kata kunci: pertanyaan, peserta didik, kurikulum 2013, sifat materi