Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan literasi sains mata pelajaran Biologi siswa kelas XI SMA Negeri di Kota Yogyakarta dan menganalisis kemampuan literasi sains mata pelajaran Biologi siswa kelas XI SMA Negeri pada sekolah sangat favorit, favorit dan kurang favorit di Kota Yogyakarta berdasarkan indikator literasi sains PISA 2018. Penelitian ini termasuk penelitian deskriptif dengan metode survei. Populasi penelitian ini adalah siswa kelas XI MIPA dari sebelas SMA Negeri di Kota Yogyakarta. Sampel dalam penelitian ini adalah siswa kelas XI MIPA di SMA Negeri 1 Yogyakarta, SMA Negeri 2 Yogyakarta, SMA Negeri 3 Yogyakarta, SMA Negeri 5 Yogyakarta, dan SMA Negeri 11 Yogyakarta berjumlah 198 siswa yang diperoleh melalui teknik random sampling. Teknik pengumpulan data menggunakan tes literasi sains pada konten biologi dengan indikator kompetensi PISA 2018. Teknik analisis data menggunakan statistika deskriptif untuk menghitung skor literasi sains yang diperoleh siswa dan statistika inferensial dengan statistika non parametrik yaitu Uji Kruskall Walis untuk mengetahui ada tidaknya perbedaan yang signifikan antara rata-rata skor literasi sains pada sekolah sangat favorit, favorit, dan kurang favorit. Hasil penelitian menunjukkan bahwa (1) kemampuan literasi sains siswa kelas XI SMA Negeri di Kota Yogyakarta pada mata pelajaran Biologi memiliki ratarata skor pada kategori sedang. (2) kemampuan literasi sains siswa kelas XI SMA Negeri di Kota Yogyakarta pada mata pelajaran Biologi memiliki perbedaan yang signifikan jika ditinjau dari kefavoritan sekolah yakni sekolah sangat favorit memiliki rata-rata skor yang lebih tinggi daripada sekolah favorit dan kurang favorit