Tujuan penelitian ini adalah: (1) Mengetahui struktur komunitas fitoplankton di Laguna Pengklik yang dilihat dari jumlah jenis, kelimpahan dan keanekaragaman, (2) mengetahui kualitas fisika-kimia Laguna Pengklik dan (3) mengetahui tingkat kesuburan perairan di Laguna Pengklik, Bantul, Yogyakarta. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif ekspolaratif. Pengamatan dilakukan di 4 stasiun ditentukan secara purposive sampling untuk mewakili lingkungan yang berbeda di laguna. Analisis data secara deskriptif dan disajikan dalam bentuk tabel, gambar, dan uraian deksripsi jenis. Struktur komunitas fitoplankton laguna Pengklik di lihat dari komposisi jenis, komposisi jenis yang tertinggi pada kelas Chloropyceae dan yang terendah pada kelas Coscinodiscopyceae. Kisaran kelimpahan fitoplankton dari 10918,36-16224,48 ind/L. Indeks dominansi tidak melebihi 1 sehingga tidak ada dominansi fitoplankton. Indeks keanekaragaman berada pada kisaran 3,11-3,38. Faktor fisik dan kima mendukung bagi perkembangan fitoplankton. Perairan laguna Pengklik termasuk perairan dengan tingkat kesuburan sedang dan termasuk perairan klasifikasi mesotrofik.Kata kunci: Fitoplankton, struktur komunitas, dan tingkat kesuburan