Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui penggunaan E-LKPD berbasis masalah terhadap peningkatan keterampilan berpikir kritis peserta didik pada materi sistem ekskresi. Penelitian ini termasuk dalam jenis penelitian kuasi eksperimen dengan menggunakan  nonequivalent control group design. Populasi dalam penelitian ini adalah seluruh peserta didik kelas XI MIPA di SMA Negeri 1 Pangkalpinang. Sampel penelitian yang diambil sebanyak dua kelas yaitu kelas XI MIPA 4 sebagai kelas eksperimen dan kelas XI MIPA 1 sebagai kelas kontrol. Pemilihan sampel tersebut menggunakan teknik purposive sampling. Data keterampilan berpikir kritis dikumpulkan menggunakan tes berbentuk uraian. Teknik analisis data dilakukan dengan uji Independent Sample T-test dan uji Effect Sizes. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada kelas eksperimen diperoleh rata-rata nilai posttest  sebesar 66,67 sedangkan rata-rata posttest kelas kontrol sebesar 56,87. Hasil Independent T-test menunjukkan nilai Sig (2-tailed) sebesar 0,021 < 0,05 sedangkan hasil uji Effect Sizes diperoleh nilai cohen’s d sebesar 0,6 dengan persentase sebesar 73%.  Hal ini menunjukkan bahwa E-LKPD berbasis masalah memberikan pengaruh yang signifikan terhadap keterampilan berpikir kritis peserta didik dengan besaran efek yang diberikan termasuk dalam kategori sedang.