Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi, mengkategorikan dan mengetahui seberapa banyak (%) kategori miskonsepsi pada materi sistem pencernaan manusia dari buku teks biologi SMA kelas XI kurikulum 2013 di Kota Yogyakarta. Penelitian ini merupakan penelitian analisis isi. Buku teks yang dianalisis merupakan hasil survei di SMA berkurikulum 2013 dan yang beredar di pasaran Kota Yogyakarta. Unit analisis berupa gambar dan kalimat yang memuat konsep sistem pencernaan manusia. Identifikasi miskonsepsi dibagi menjadi 5 kategori yaitu undergeneralization, obsolete concept and terms, oversimplification, overgeneralization, misidentification. Proses identifikasi dilakukan oleh tiga orang panelis. Data yang diperoleh diuji kehandalan antar-panelis berdasarkan perhitungan α-Krippendorf dan dianalisis secara deskriptif dengan menghitung frekuensi masing-masing kategori. Hasil menunjukkan bahwa buku teks A, B, dan C yang dianalisis mengalami miskonsepsi dengan persentase 10,5%, 24,2%, dan 25,7%. Kategori miskonsepsi yang ditemukan pada ketiga buku teks adalah undergeneralization, oversimplification, overgeneralization, dan misidentification, sedangkan kategori obsolete concept and terms hanya ditemukan di buku teks C. Nilai frekuensi dari ketiga buku teks menunjukkan bahwa persentase miskonsepsi kategori undergeneralization 1,7%, obsolete concept and terms 0,3%, oversimplification 5,4%, overgeneralization 1,1%, dan misidentification 11,2%. Kata kunci: buku teks biologi, miskonsepsi, sistem pencernaan manusia