Pendidikan di Indonesia mengalami gejolak dan masa transisi yang panjang. Dikotomi keilmuan dalam pendidikan umat Islam dunia adalah salah satu problem yang juga melanda pendidikan di Indonesia prakemerdekaan. Salah satu faktornya ada campur tangan Belanda, oleh Van Devender pada tahun 1899 yang mencetuskan politik etis melalui pemberian pendidikan kepada penduduk bumi putera. Dinamika sosio-keagamaan masa kolonial Belanda dengan upaya hutang budi dalam bentuk politik etis di satu sisi mengakibatkan kenyataan dikotomis keilmuan sekaligus polarisasi umat Islam. Dan secara historis, politik etis kolonialisme mampu melesukan pendidikan Islam dan membentangkan dikotomis keilmuan. Dalam konteks inilah, penelitian ini dilakukan untuk mencermati upaya akomodatif K.H. Ahmad Dahlan dalam proses pembaharuan madrasah sebagai basis utama pendidikan agama Islam. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan metode studi pustaka dan analisis isi. Hasil dari penelitian ini mengemukakan temuan bahwa gagasan madrasah modernis dalam bentuk integrasi keilmuan oleh K.H. Ahmad Dahlan mampu mendamaikan dikotomis. Konsep kurikulum integralistik tersebut meliputi: Al-Quran, Hadis, Akhlak, dan Ilmu-ilmu Sosial.