Bentuk modernasi ilmu pengetahuan melalui pendidikan Islam berkelanjutan sampai sekarang. Salah satu tokoh pembaharu modern di Indonesia adalah Nurcholish Madjid. Beliau adalah seorang tokoh Islam pembaharu yang telah mengalami dua kultur edukatif, yakni kultur pendidikan Islam dan sekuler (Barat), tradisionalis dan modernis. Nurcholish Madjid telah melakukan usaha-usaha pembaharu pendidikan Islam, namun dunia pendidikan Islam masih saja dihadapkan kepada beberapa problema. Nurcholish Madjid berpandangan bahwa pendidikan yang baik adalah yang dapat membentuk manusia liberal dan kritis, di mana ia dapat menjadi orang merdeka. Menurutnya sistem dan lembaga Pendidikan Islam akan semakin lemah, tidak diakui atau bahkan lenyap, apabila sistem pendidikannya hanya mengedepankan aspek moral saja, tidak mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi. Hal ini menunjukkan pemikiran Nurcholish Madjid tentang Pendidikan Islam harus diperbaharui dari sistem dan kelembagaannya dengan secara sadar merumuskan visi dan tujuan pendidikan untuk lebih maju dan mampu merespon perkembangan zaman.