Fokus utama penelitian ini adalah model pembelajaran Pendidikan Agama Islam di SMK Al- Alif. Penelitian menggunakan pendekatan kualitatif. Pembatasan objek bersifat kasuistik, untuk menggambarkan realitas empiris dari latar alami supaya lebih rinci dan mendalam. Pengumpulan data menggunakan observasi, wawancara, dan studi dokumentasi. Hasil penelitian menunjukkan: (1) Pembelajaran PAI di SMK Al- Alif, diselenggarakan di kelas dan di luar kelas mengacu pada kurikulum nasional dan muatan lokal. Pembelajaran PAI di luar kelas bukan merupakan ekstrakurikuler pilihan, tapi merupakan tuntutan kedua kurikulum tersebut. (2) Fokus model pembelajaran PAI di SMK Al- Alif adalah membentuk akhlak mulia. Sintaks mengembangkan pembelajaran langsung dan pembelajaran kooperatif. Sistem sosial dan suasana pembelajaran dibangun melalui pembiasaan. Faktor pendukung di antaranya adalah pendidikan agama sebagai pilar pendidikan, kemampuan guru yang baik, dan ketersediaan sarana prasarana. (3) Model pembelajaran PAI di sekolah berwawasan kebangsaan diintegrasikan dengan sistem terpadu boarding school dan sekolah wiyata mandala melalui pendisiplinan sebagai karakter utama budaya sekolah. Pengembangan model pembelajaran PAI harus diintegrasikan dengan keseluruhan sistem pendidikan yang dikembangkan sekolah. Seoptimal apapun pembelajaran PAI dengan hanya mengandalkan jam pelajaran di dalam kelas, akan menyisakan ruang kosong, terutama pada sasaran pembelajaran PAI aspek sikap dan tingkah laku. Dibutuhkan pembiasaan, pendisiplinan, pemodelan, dan pengasuhan.