Materi fungi bersifat abstrak berpotensi menyebabkan siswa mengalami kesulitan dalam memahami materi. Penelitian ini bertujuan menganalisis miskonsepsi siswa pada materi fungi. Metode penelitian yang digunakan adalah metode deskriptif kuantitatif. Penelitian dilakukan pada bulan Mei 2020 hingga Juli 2020. Populasi yang digunakan adalah seluruh siswa kelas X MIPA di SMA. Sampel yang diteliti berjumlah 47 siswa. Pengambilan sampel dilakukan dengan teknik Cluster Random Sampling. Instrumen yang digunakan yaitu instrumen soal sebanyak 41 soal pilihan ganda dan instrumen angket sebanyak 35 pertanyaan. Data dianalisis mengunakan uji validitas soal dan uji validitas angket. Data yang diperoleh diolah secara kuantitatif dengan Microsoft Excel. Uji validitas soal mendapatkan hasil bahwa pengetahuan konsep siswa terhadap materi fungi tergolong rendah. Uji validitas angket mendapatkan hasil bahwa siswa mengalami kesulitan belajar berasal dari faktor internal dan faktor eksternal. Sub materi yang memiliki pengetahuan konsep yang paling rendah dan tingkat kesulitan belajar dengan kategori tinggi yaitu klasifikasi fungi dengan presentase (46%). Kesulitan belajar pada faktor internal yaitu pada minat, motivasi, kesiapan dan perhatian siswa. Sedangkan faktor eksternal yaitu lingkungan sekolah, keluarga dan masyarakat. Hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa terdapat kesulitan belajar siswa pada materi fungi masih rendah terlihat dari penguasaan konsep dan faktor yang mempengaruhi kesulitan belajar.