Kelompok minoritas di Indonesia sering kali kehilangan hak-haknya sebagai warga negara bukan diakibatkan oleh perlakuan mayoritas semata, melainkan juga kerap dilakukan oleh negara. Hak kaum minoritas yang acap kali tidak bisa dipenuhi di negeri ini adalah hak untuk bebas beragama dan berkeyakinan serta kebebasan menjalankan ibadah sesuai dengan agama dan keyakinan tersebut. Dalam konteks pendidikan Islam upaya untuk memahami realitas perbedaan dalam beragama, lembaga-lembaga pendidikan Islam diharapkan bisa menanamkan kepedulian komunitas agama lain dengan saling bekerjasama dan membangun dialog melalui pendidikan multi kultural. Kesadaran multikulturalisme bukan sekadar memahami keberbedaan, namun juga harus ditunjukkan dengan sikap konkrit bahwa sekalipun berbeda keyakinan, namun sama-sama sebagai manusia yang mesti diperlakukan secara manusiawi. Pendekatan dialogis yang mengarah pada budaya saling toleransi,  membuang kebencian dan permusuhan, kemampuan untuk   saling  mendengar, sikap akomodatif, dan saling tukar informasi untuk mencapai kesepahaman bersama. Pendekatan yang ditawarkan oleh Waleed el-Ansary dan Mashood Baderin cukup memberikan solusi bagi konflik antar umat beragama yang diakibatkan oleh kedangkalan dan kesenjanagan pemahaman dalam memahami ajaran agama masing-masing.