Metafisika salah satu bentuk filsafat dalam memahami esensi makna, dalam logika mystika tergambar pada kepercayaan Mesir kuno, orang Indonesia asli. Menurut Tan Malaka segala yang ada dan yang mungkin ada atau yang tidak ada sama sekali, bahkan segala sesuatu yang terdapat dibalik yang ada ini, akan dapat diketahui esensinya jika menggunakan cara berfikir metafisika. Pada kenyataannya sejarah dapat memberikan makna pada hidup manusia, berperan memperbaiki masa depan manusia. Semua yang ada ini berkaitan antara yang satu dengan yang lainnya, untuk mengetahui kaitan yang satu dengan yang lain melalui cara berfikir dialektika. Tan Malaka menganggap bahwa Bangsa Indonesia memiliki tiga kategori dalam kepercayaan: Percaya pada kodratnya semua; percaya pada jiwa; kepercayaan pada hantu: Kepercayaan pada kodrat merupakan kepercayaan terhadap adanya energi atau kekuatan yang tersimpan dalam benda atau roh yang bisa bergerak atau melakukan sesuatu dengan sendiri. Kepercayaan ini masih ada pada masyarakat Indonesia sampai sekarang. Tentang jiwa manusia menurut Tan Malaka, jiwa ditentukan melalui tiga hal yaitu; akal, perasaan, dan kemauan. Dengan akal diketahui sifat benda, dan baik buruknya kelakuan manusia, perbuatan selalu berkaitan dengan perasaan. Ketiganya berkaitan satu sama lain. Tidak mungkin orang mengetahui materi (benda) yang tidak memiliki kaitan dengan indra.