قد اشتدت الفتن فى إندونيسيا وعمت الإضطرابات وقامت حركات فكرية ضد الإسلام منذ أن إحتلت هولندا إندونيسيا . فهنا ظهرت تيارات عديدة معادية، بعضها ينادى بالإلحاد الذى يحاول أن يبعد الناس عن عقيدتهم التى تدعوهم إلى الإيمان بالألوهية والعبا دة لله وحده، ويعتبر وجود الله خرافة، وهــذا التيار يتمثل فى الشيوعية . وبعضها ينادى بالإشراك بالله الذى يجعل لله الواحد شريكا، وهذا يتمثل فـــى الحركة التبشيرية بالإضافة إلى أصحاب الديانات الأخرى مثل الهندوكية والبوذية والكنفوشية والباطنية الذين يعبدون التماثيل والأصنام والأحجار وغيرها .  وقد تمكنت القوات الهولندية من تمزيق وحدة المسلمين باندونيسيا فأدخلوا المذاهب القاديانية التى تنشر المبادئ المنحرفة حيث يدعى أتباعها بأن " غلام أحمد " رسول الله بعد محمد عليه الصلاة والسلام، وتمدد الحكومة الهولندية يد العون والمساعدة إلى كل هذه التيارات لهدف إضعاف الحركات التحــــــررية الإسلامية فى مواجهة قوات الإحتلال الهولندى من أجل إستقلال إندونيسيا عن سيطرتها ونفوذها .ولكن بعد أن نال إندونيسيا إستقلا لها من يد المستعمر، وأعـلن الإستقــــــلال فى 17 أغسطس 1945 م، ورحلت القوات الإحتلال الهولندى إلى بلادها، فقد بقيت هذه التيارات بمالها من تأثير كبير فى نفوس بعض العناصر، وخاصة الذين لهم صلة عاطفية بالإستعمار الهولندى .وظل المسلمون فى إندونيسيا فى صراع مستمر لمواجهة هذه التيارات المعادية له من ناحيـــة، والخلافات المستمرة داخل صفوفهم من ناحية أخرى، وذلك لوجود طائفة تتمسح بالإسلام وتعمـل على هدمه من الداخل مما جعل الصراع فكريا تارة ومصادمات الدامية تارة أخرى، وهـذا الصراع مستمـــر إلى يومنا هذا حتى يظهره الله الحق ويبطل الباطل .