Toleransi dan moderasi di Indonesia merupakan suatu diskursus yang akhir-akhir ini begitu banyak diperbincangkan. Pemerintah tokoh-tokoh masyarakat, tidak terkecuali lembaga-lembaga pendidikan sangat aktif membangun narasi tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk menggambarkan peran Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Ambon dan Institut Agama Kristen Negeri (IAKN) Ambon dalam merawat toleransi sosial dan moderasi beragama. Artikel ini menggunakan metode penelitian kualitatif. Penulis mengumpulkan data melalui wawancara, observasi dan dokumentasi. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa konsekuensi konflik agama masa lalu memengaruhi toleransi sosial dan moderasi beragama dalam masyarakat. Namun, ancaman ini dapat diurai oleh kedua lembaga pendidikan tinggi keagamaan dengan melakukan pendampingan dan pembimbingan kepada masyarakat luas tentang pentingnya merawat keharmonian dalam keberbedaan. Dalam upaya meretas perbedaan dan antagonisme di dalam masyarakat,  masyarakat Ambon semakin terbuka diubah menjadi “kerukunan hidup” dan keluar dari dunia “kecurigaan dan permusuhan” meskipun hubungan kelompok-kelompok penganut agama masih menyimpan potensi kuat berulangnya gesekan sosial yang melibatkan dua kelompok agama.