Artikel ini berkenaan dengan program pembelajaran baca tulis al-Qur’an di perguruan tinggi keagamaan Islam.  Penelitian ini kualitatif dengan menggunakan pendekatan paedagogik dengan mengambil lokasi penelitian di Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar. Temuan penelitian menginformasikan bahwa keterampilan membaca al-Qur’an mahasiswa UIN Alauddin Makassar masih berada pada interval 70-79 dengan presentase 48,5% dengan kategori cukup yang dapat dideskripsikan bahwa keterampilan membaca al-Qur’an mahasiswa UIN Alauddin Makassar masih perlu ditingkatkan lagi karena masih berada dalam kategori cukup. Ragam kendala yang dihadapi dalam pelaksanaan program pembelajaran Baca Tulis al-Qur’an (BTQ) di UIN Alauddin Makassar adalah kompetensi tenaga pengajar/pembimbing yang kurang memadai, latar belakang serta motivasi mahasiswa yang kurang disebabkan karena BTQ dianggap tidak penting dan tidak punya muatan SKS, waktu pelaksanaan kegiatan pembelajaran BTQ yang kurang tepat, tempat pelaksanaan kegiatan pembelajaran BTQ yang kurang nyaman. Solusi menghadapi ragam kendala program pembelajaran baca tulis al-Qur’an (BTQ) di UIN Alauddin Makassar adalah pengelola BTQ melakukan rekrutmen tenaga pengajar yang berkompeten di bidang BTQ, melakukan workshop tahsin al-Qur’an bagi dosen pengajar, melaksanakan lomba tilawah, menghafal serta menulis ayat al-Qur’an dalam rangka meningkatkan motivasi mahasiswa, waktu pelaksanaan kegiatan pembelajaran BTQ ditetapkan berdasarkan kesepakatan antara dosen pengajar dengan mahasiswa, tempat pelaksanaan kegiatan BTQ di ruang perkuliahan dan diatur berdasarkan kesepakatan antara dosen pengajar dan mahasiswa.