Penelitian ini bertujuan untuk memberikan gambaran secara komprehensip mengenai kepemimpinan sekolah berbasis pesantren dan profil manager pendidikan Islam yang dipandang sangat perlu dalam rangka melakukan pengelolaan pendidikan yang berkemajuan. Jenis penelitian ini adalah deskriptif-analisis dengan metode yang digunakan adalah kualitatif. Pengumpulan data dilakukan dengan menggunakan teknik studi kepustakaan. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa kepemimpinan sekolah berbasis pesantren dapat diterapkan dengan model kepemimpinan tranformasional dan model kepemimpinan spiritual. Kedua model kepemimpinan ini sama-sama mendasarkan pada suatu paradigma bahwa dalam melakukan pengelolaan pendidikan harus didasarkan pada nilai-nilai religius dengan mengedepankan aspek penanaman moral kepemimpinan. Hal ini kemudian secara rinci dapat dilihat dari profil manajer pendidikan Islam yang ditawarkan dengan mendasarkan etika religius melalui empat landasan pokok pengembangan pendidikan, yaitu: kebenaran, kejujuran, keterbukaan, dan keahlian. Hal tersebut secara teoritis akan memberikan implikasi dalam rangka mewujudkan lembaga pendidikan yang berkemajuan.